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| 淡水藻類 | ||||
| 番号 | 科名 | 種和名 | 学名 | ランク |
| 1 | ネンジュモ | アシツキ（カモガワノリ） | Nostoc verrucosum Vaucher ex Bornet et Flahault | Ｃ |
| 2 | チノリモ | チノリモ | Porphyridium purpureum (Bory) Drew et Ross | Ｃ |
| 3 | オオイシソウ | オオイシソウ | Compsopogon caeruleus (Balbis ex C. Agardh) Montagne | Ａ |
| 4 | カワモズク | チャイロカワモズク | Batrachospermum arcuatum Kylin emend. Vis et al. | Ｃ |
| 5 | カワモズク | イシカワモズク | Batrachospermum atrum (Hudson) Harvey | Ａ |
| 6 | カワモズク | カワモズク | Batrachospermum gelatinosum (Linnaeus) De Candolle emend. Vis et al. | Ａ |
| 7 | カワモズク | アオカワモズク | Batrachospermum helminthosum Bory emend. Sheath et al. | Ｃ |
| 8 | カワモズク | ホソカワモズク | Batrachospermum turfosum Bory emend. Sheath et al. | Ａ |
| 9 | カワモズク | ツマグロカワモズク | Batrachospermum skujae Geitler emend. Vis et al. | Ａ |
| 10 | カワモズク | タニガワカワモズク | Batrachospermum turgidum Kumano | Ａ |
| 11 | カワモズク | ニシノカワモズク | Kumanoa virgatodecaisneana (Sirodot) Entwisle et al. | LE |
| 12 | カワモズク | チュウゴクユタカカワモズク | Sirodotia sinica Jao | LE |
| 13 | カワモズク | ユタカカワモズク | Sirodotia yutakae Kumano | LE |
| 14 | ベニマダラ | タンスイベニマダラ | Hildenbrandia rivularis (Liebman) J. Agardh | Ｃ |
| 15 | チスジノリ | チスジノリ | Thorea okadae Yamada | Ａ |
| 16 | ニセイシノカワ | イズミイシノカワ | Heribaudiella fluviatilis (Areschoug) Svedelius | Ｃ |
| 17 | アオミソウ | タテヤママリモ | Aegagropilopsis moravica (Dvořák) Zhao et Liu | 調 |
| 18 | シャジクモ | シャジクモ | Chara braunii Gmelin | Ｃ |
| 19 | シャジクモ | イトシャジクモ類 | Chara fibrosa group | Ｂ |
| 20 | シャジクモ | チャボフラスコモ，トガリフラスコモ | Nitella acuminata A. Braun ex Wallman | Ｂ |
| 21 | シャジクモ | ミルフラスコモ | Nitella axilliformis Imahori | Ｂ |
| 22 | シャジクモ | ヒメフラスコモ | Nitella flexilis (Linnaeus) C. Agardh var. flexilis | Ａ |
| 23 | シャジクモ | フタマタフラスコモ | Nitella furcata (Roxburgh ex Bruzelius) C. Agardh var. furcata | Ａ |
| 24 | シャジクモ | キヌフラスコモ | Nitella glacilens | Ｂ |
| 25 | シャジクモ | ヒナフラスコモ | Nitella gracillima Allen var. gracillima | Ａ |
| 26 | シャジクモ | ニッポンフラスコモ | Nitella japonica Allen | Ａ |
| 27 | シャジクモ | セイロンフラスコモ | Nitella megaspora (J. Croves) Sakayama | Ａ |
| 28 | シャジクモ | ミノリノフラスコモ | Nitella mirabilis Nordstedt ex J. Groves var. mirabilis | Ａ |
| 29 | シャジクモ | ハデフラスコモ | Nitella pulchella Allen | Ａ |
| 30 | シャジクモ | オニフラスコモ | Nitella rigida Allen var. rigida | 調 |
| 31 | シャジクモ | ナガホノフラスコモ | Nitella spiciformis Morioka | Ａ |
| 32 | シャジクモ | オウシャジクモ（オオシャジクモ） | Chara corallina Klein ex Willdenow var. corallina | Ａ |
| 33 | シャジクモ | ジュズフサフラスコモ | Nitella comptonii J. Groves | 調 |
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| 海藻類 | |||||
| 番号 | 対象地域 | 科名 | 種和名 | 学名 | ランク |
| 1 | 県瀬戸内海・日本海両沿岸に適用 | ウシケノリ科 | アサクサノリ | Pyropia tenera (Kjellman) N.Kikuchi, M.Miyata, M.S.Hwang & H.G.Choi | LE |
| 2 | 県瀬戸内海・日本海両沿岸に適用 | コノハノリ科 | アヤギヌ | Caloglossa continua (Okamura) R.J.King & Puttock | B |
| 3 | 県瀬戸内海・日本海両沿岸に適用 | コノハノリ科 | ホソアヤギヌ | Caloglossa ogasawaraensis Okamura | B |
| 4 | 県瀬戸内海・日本海両沿岸に適用 | フジマツモ科 | タニコケモドキ | Bostrychia simpliciuscula Harvey ex J.Agardh | B |
| 5 |
県瀬戸内海沿岸に適用
|
ホンダワラ科 | ホンダワラ | Sargassum fulvellum (Turner) C.Agardh | LE |
| 6 |
県瀬戸内海沿岸に適用
|
ホンダワラ科 | ヤナギモク | Sargassum ringgoldianum ssp. coreanum (J.Agardh) Yoshida | B |
| 7 |
県瀬戸内海沿岸に適用
|
ホンダワラ科 | ウスバノコギリモク | Sargassum serratifolium (C.Agardh) C.Agardh | LE |
| 8 |
県瀬戸内海沿岸に適用
|
フジマツモ科 | ジャバラノリ | Leveillea jungermannioides (Hering & G.Martens) Harvey | LE |
| 9 |
県瀬戸内海沿岸に適用
|
イギス科 | エゴノリ | Campylaephora hypnaeoides J.Agardh | LE |
| 10 |
県瀬戸内海沿岸に適用
|
ヒカゲノイト科 | ユルジギヌ | Predaea japonica Yoshida | LE |
| 11 |
県瀬戸内海沿岸に適用
|
ガラガラ科 | ガラガラ | Tricleocarpa jejuensis J.Wiriyadamarikul, Geraldino, Huisman, Lewmanomont & Boo | LE |
| 12 |
県瀬戸内海沿岸に適用
|
ガラガラ科 | フサノリ | Scinaia japonica Setchell | LE |
| 13 |
県内日本海沿岸に適用
|
ホンダワラ科 | ナラサモ | Sargassum nigrifolium Yendo | B |
| 14 |
県内日本海沿岸に適用
|
ホンダワラ科 | ヒジキ | Sargassum fusiforme (Harvey) Setchell | B |